നിർമിത ബുദ്ധിയുള്ള സെന്റിയെന്റ് മെഷീൻസ് എന്നു പേരുള്ള യന്ത്രങ്ങൾ ഭൂമി വാഴുന്ന ഭാവി കാലത്തിൽ ഒരു പറ്റം മനുഷ്യർ നിലനില്പിനായി നടത്തുന്ന ചെറുത്തു നില്പാണ് ചിത്രത്തിന്റെ പ്രമേയം.മനുഷ്യരാശിയിൽ ഭൂരിഭാഗവും മാട്രിക്സ് എന്ന കമ്പ്യൂട്ടർ നിർമ്മിത സ്വപ്നലോകത്തിൽ തളക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു.മനുഷ്യശരീരത്തിലെ താപവും വൈദ്യുത പ്രവർത്തനങ്ങളും ഊർജ്ജസ്രോതസ്സായി ഉപയോഗിക്കുന്നവരാണ് സെന്റിയന്റ് മെഷീൻസ്. അങ്ങനെ ചെയ്യുമ്പോഴും മനുഷ്യർ അത് അറിയാതരിക്കാനാണ് അവർ ഇങ്ങനെയൊരു ബദൽ പ്രപഞ്ചം നിർമിച്ചത്.ഈ സത്യം കണ്ടെത്തുന്ന 'നിയോ' എന്ന പ്രോഗ്രാമർ സ്വപ്നലോകത്ത് നിന്ന് രക്ഷപെട്ട മനുഷ്യർ യന്ത്രങ്ങൾക്കെതിരെ നടത്തുന്ന സായുധ വിപ്ലവത്തിലേക്ക് ആകർഷിക്കപ്പെടുന്നു.
നിയോ എന്ന പേരിൽ ഹക്കറായി രഹസ്യ ജീവിതം നയിക്കുന്ന ഒരു പ്രോഗ്രമറാണ് തോമസ് ആൻഡേഴ്സൺ. നിയോ "എന്താണ് മാട്രിക്സ് ?" എന്ന ഒരു ചോദ്യത്തിനുത്തരം കണ്ടുപിടിക്കാൻ ശ്രമിക്കുന്നു.കംപ്യൂട്ടർ മോണിട്ടറിൽ ഇടയ്ക്കിടെ പ്രത്യക്ഷപ്പെടുന്ന സന്ദേശങ്ങൾ വഴി മോർഫിയസ് എന്ന ഏജന്റിനെ കണ്ടുമുട്ടുന്നു. 'മാട്രിക്സ്' നെ കുറിച്ചുള്ള രഹസ്യങൾ നൽകാമെന്ന വാഗ്ദാനത്തിന്മേൽ മോർഫിയസുമായി നിയോ ധാരണയിലെത്തുകയും ചെയ്യുന്നു. മോർഫിയസ് നൽകുന്ന നീല ഗുളിഗ വിഴുങുന്നതു വഴി നിയൊ യഥാർത്ഥ മനുഷ്യകുലം അവശേഷിക്കുന്ന സീയോൺ എന്ന ആവാസകേന്ദ്രമായ 2199 ലെ യഥർത്ഥ ലോകത്തെത്തുകയും, താൻ ജീവിച്ചിരുന്നത് യന്ത്രങ്ങൾ നിർമ്മിച്ച സാങ്കല്പ്പിക ലോകത്തായിരുന്നെന്നും ഇപ്പോൾ എത്തിപ്പെട്ടിരിക്കുന്നത് മനുഷ്യൻ ഇരുപതാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ അവസാനത്തിൽ നിർമ്മിച്ച നിർമിത ബുദ്ധിയുള്ള യന്ത്രങ്ങളാൽ ഭരിക്കപ്പെട്ടുകൊണ്ടിരിക്കുന്ന യഥാർത്ഥ ലോകത്താണെന്നും മനസ്സിലാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. എല്ലാ മനുഷ്യരേയും ഈ വിധത്തിൽ ജനനം മുതൽ യന്ത്രങ്ങൾ മയക്കികെടുത്തി അവരുടെയെല്ലാം മനസ്സിനെ മാട്രിക്സെന്ന സാങ്കല്പിക ലോകത്തിൽ തളച്ചിട്ടിരിക്കുകയാണ്‌. മനുഷ്യന്റെ ജനനവും വളർച്ചയും യന്ത്രങ്ങളാൽ തന്നെയാണ്‌ സംഭവിക്കുന്നത്. എല്ലാ മനുഷ്യരുടേയും ബുദ്ധിയും ഊർജ്ജവും യന്ത്രങ്ങൾ ചൂഷണം ചെയ്യുന്നു.അതിനായി മയക്കിക്കിടത്തിയിരിക്കുന്ന ഒരോ മനുഷ്യനെയും വൈദ്യുതഗ്രിഡുമായി ബന്ധിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു. സീയോൺ എന്ന ഭൂമിയിലെ ഉള്ളറയിലെ മനുഷ്യ ആവാസകേന്ദ്രത്തിൽ, മോർഫിയസിന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ ഉള്ള സംഘം, മനുഷ്യരുടെ മേലുള്ള യന്ത്രങ്ങളുടെ അധീശ്വത്ത്വം തകർത്ത്‌ മനുഷ്യന് മേൽക്കൈ ഉൾല ലോകം കെട്ടിപ്പടുക്കാനുള്ള ശ്രമത്തിലാണ്‌.
നിയോ എന്ന പേരിൽ ഹക്കറായി രഹസ്യ ജീവിതം നയിക്കുന്ന ഒരു പ്രോഗ്രമറാണ് തോമസ് ആൻഡേഴ്സൺ. നിയോ "എന്താണ് മാട്രിക്സ് ?" എന്ന ഒരു ചോദ്യത്തിനുത്തരം കണ്ടുപിടിക്കാൻ ശ്രമിക്കുന്നു.കംപ്യൂട്ടർ മോണിട്ടറിൽ ഇടയ്ക്കിടെ പ്രത്യക്ഷപ്പെടുന്ന സന്ദേശങ്ങൾ വഴി മോർഫിയസ് എന്ന ഏജന്റിനെ കണ്ടുമുട്ടുന്നു. 'മാട്രിക്സ്' നെ കുറിച്ചുള്ള രഹസ്യങൾ നൽകാമെന്ന വാഗ്ദാനത്തിന്മേൽ മോർഫിയസുമായി നിയോ ധാരണയിലെത്തുകയും ചെയ്യുന്നു. മോർഫിയസ് നൽകുന്ന നീല ഗുളിഗ വിഴുങുന്നതു വഴി നിയൊ യഥാർത്ഥ മനുഷ്യകുലം അവശേഷിക്കുന്ന സീയോൺ എന്ന ആവാസകേന്ദ്രമായ 2199 ലെ യഥർത്ഥ ലോകത്തെത്തുകയും, താൻ ജീവിച്ചിരുന്നത് യന്ത്രങ്ങൾ നിർമ്മിച്ച സാങ്കല്പ്പിക ലോകത്തായിരുന്നെന്നും ഇപ്പോൾ എത്തിപ്പെട്ടിരിക്കുന്നത് മനുഷ്യൻ ഇരുപതാം നൂറ്റാണ്ടിന്റെ അവസാനത്തിൽ നിർമ്മിച്ച നിർമിത ബുദ്ധിയുള്ള യന്ത്രങ്ങളാൽ ഭരിക്കപ്പെട്ടുകൊണ്ടിരിക്കുന്ന യഥാർത്ഥ ലോകത്താണെന്നും മനസ്സിലാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. എല്ലാ മനുഷ്യരേയും ഈ വിധത്തിൽ ജനനം മുതൽ യന്ത്രങ്ങൾ മയക്കികെടുത്തി അവരുടെയെല്ലാം മനസ്സിനെ മാട്രിക്സെന്ന സാങ്കല്പിക ലോകത്തിൽ തളച്ചിട്ടിരിക്കുകയാണ്‌. മനുഷ്യന്റെ ജനനവും വളർച്ചയും യന്ത്രങ്ങളാൽ തന്നെയാണ്‌ സംഭവിക്കുന്നത്. എല്ലാ മനുഷ്യരുടേയും ബുദ്ധിയും ഊർജ്ജവും യന്ത്രങ്ങൾ ചൂഷണം ചെയ്യുന്നു.അതിനായി മയക്കിക്കിടത്തിയിരിക്കുന്ന ഒരോ മനുഷ്യനെയും വൈദ്യുതഗ്രിഡുമായി ബന്ധിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു. സീയോൺ എന്ന ഭൂമിയിലെ ഉള്ളറയിലെ മനുഷ്യ ആവാസകേന്ദ്രത്തിൽ, മോർഫിയസിന്റെ നേതൃത്വത്തിൽ ഉള്ള സംഘം, മനുഷ്യരുടെ മേലുള്ള യന്ത്രങ്ങളുടെ അധീശ്വത്ത്വം തകർത്ത്‌ മനുഷ്യന് മേൽക്കൈ ഉൾല ലോകം കെട്ടിപ്പടുക്കാനുള്ള ശ്രമത്തിലാണ്‌.